1870年4月6日，山西巡抚兼提督鲍源深接到清帝退位诏书，经过深思熟虑，不管晋商们的鼓动，决定率山西抚标和晋勇五十营投降太平天国。1864年（同治3年），由于战乱阻断了南方一些赋税大省上解京饷的道路，晋商票号承揽了向清政府供给银两，由其分号负责汇兑公款的任务，从此，彻底打进了清政府的金融活动中。在享受官府保护、谋求巨额利润的同时，也将巨额资金放上了清王朝这条破船。此时，为了晋商票号向清廷各级官府贷出的所有“官款”不打水漂，晋商积极活动，拥戴山西布政使胡大任，拉拢一批晋勇中下级军官。时清大同镇总兵马升驻在蒙古包头，太原镇总兵乌勒欣泰带三十营兵驻泽州府。晋商们找到乌勒欣泰，愿出资帮其购买军火、招募兵勇，恢复满清统治。乌勒欣泰欣然同意，又寻了原总兵田在田相助，于各处团练一百多营，一时山西地主团练猖獗，复清运动浪潮汹涌。鲍源深忙致书魏宣武，速派兵来援。魏宣武急调吴如孝第五野战师入山西，又命山西总教祝全福发动山西天道教徒，积极加入各地主团练。1870年4月23日，胡大任带参将刘邦盛等一批将官率标营兵哗变包围鲍源深的巡抚衙门，鲍源深带二百多名亲兵据衙死守。晋勇中天道教太原府教士计光忙带一千多名天道教徒控制的士兵增援鲍源深，突然发起攻击突入巡抚衙门与鲍源深共同固守待援。三日后，吴如孝兵分两路从紫荆关和居庸关进入山西，骑兵卒绕过于途州府直扑太原府而来，其余部队攻击前进。晋勇装备较差，骑兵卒赶到太原府城，在天道教打入晋勇的内应帮助下，很快进了城，参将刘邦盛带五千兵来阻挡，骑兵卒一顿野炮、几次排枪，然后快马冲锋，晋勇溃不成军，刘邦盛被马刀砍下了首级。接着，骑兵卒直接控制兵营，在忠于鲍源深的几名将官配合下，清除了军中复清派，然后出兵攻击胡大任部，胡大任在几名将官拼死护卫下杀出重围，却被太平军骑兵追上射杀。吴如孝部两路大军很快攻克大同府，又连克代州、忻州，兵临太原府城下。魏宣武令山西总教祝全福带天道教徒发动民众，使得晋商票号吸收的私人存款遭到挤兑，只能一家家关门倒闭。吴如孝控制了太原府，立刻带两旅直扑泽州府，在混入团练的天道教徒配合下，沿途击溃各处地主团练，很快到了泽州府城。乌勒欣泰知城不可守，忙与田在田乘太平军尚未围城领兵逃往包头，并给蒙古扎萨克达尔罕亲王索特那木朋素克、扎萨克博多勒噶台亲王伯彦讷谟祜 、扎萨克土谢图亲王巴宝多尔济、卓哩克图亲王济克登旺库尔、科尔沁多罗郡王济克默特朗布、扎萨克冰图郡王锡里巴咱尔、扎萨克扎萨克图郡王达特巴扎木苏分别去信，希望借蒙古之力复清。乌勒欣泰与田在田逃到包头，清大同镇总兵马升早与太平军接洽，太平天国包头教士洪格尔巴特尔正在马升总兵府中。马升借压惊洗尘为名设宴款待乌勒欣泰与田在田，于席间逮捕两人，兼并其军，降了太平天国。魏宣武借少数民族司给七位蒙古王爷写信，与清帝退位诏书一并发与他们，允诺不变蒙古政体，蒙古王爷仍沿旧制世袭，七位蒙古王爷商量后易帜降了太平天国。
经过充分准备，魏宣武于1870年5月1日遣傅忠信第六野战师、朱志鑫第二野战师配三个独立炮兵旅、二个辎重旅进入东北，归秦汉指挥，另以卫戍第二旅守山海关，仅用卫戍师部及直属各部留京师。同时运送大批军械物资出关。秦汉部实力大增，很快攻下围了多时的锦州，连克盛京、辽阳，盛京将军都兴阿自尽。接着，秦汉部包围吉林城，以重炮轰击城墙，尽毁吉林八门，攻入吉林城，吉林将军富明阿纵火举家自焚。1870年7月8日，秦汉部兵临黑龙江齐齐哈尔，致书黑龙江将军恩泽，阐明太平天国宗旨并清帝退位诏书，许诺只要清军投降，遵守天国法令，太平军就决不伤害清军一兵一卒。恩泽与秦汉反复磋商，魏宣武又将同治和掌印太监送前线，恩泽确认清室受到优待，便宣布开城投降，向太平军缴械后遣散所部，秦汉进了齐齐哈尔，又接受了黑龙江水师衙门，收编了齐齐哈尔水师、墨尔根（嫩江）水师、黑龙江城（瑷珲）水师和驻吉林的船厂机构。清军各级将官无一例外送往开封教导营学习，秦汉留下黄呈忠第七野战师屯黑龙江省、傅忠信第六野战师驻屯盛京地区，朱志鑫第二野战师屯吉林省，自率第三野战师及炮兵独立旅、骑兵独立旅回京师。
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